Hikaye dünyanın en nadir bulunan,en esrarengiz Pokemon olan Lugia’yı
yakalama soruşturmasını üstlenen Pokemon Toplayıcısı Jirarudan’a
başlar. Lugia daha önce hiçbir insan tarafından görülmemiş ama üç
Efsanevi Kuş’un Lugia’nın ortaya çıktığı yerde biraraya geldiği
yazılmıştır. Bu yüzden Efsanevi Kuş’ların kendi adası vardır. Biraraya
gelecek olursalar sonuç bir felaket olurdu. Jirarudan Moltres’ın
bulunduğu Fire Adası’na yaklaşmaya başlar ve adayı buzla dondurarak
Moltres’ı yaralar. Jirarudan elektirkli bir ağla Moltres’ı bu güçsüz
durumundan faydalanarak yakalamaya çalışır. Jiraru’dan ve uçan kalesi
esrarengiz Zpados’u yakalamak için Thunder Adası’na doğru yol alırlar.
Aniden hava kötüleşir. Ash, Kenji
ve Misty Mic-Chan adlı bir rehber kumandasında Ashia Adası’a
gitmektedirler. Gemileri kasırganın tam ortasında çırpınırken Mc-Chan
tüm yeteneğini kullanarak gemiyi kıyıya ulaştırır. Ash ve çetesi
pokemonları toplarından çıkarıp ayaklarını germelerine izin verirler.
Fırtına bile Team Rocket’i onlardan uzak tutmaya yetmezdi;
denizaltıları Mecha-Magikarp’ta Ash ve çetesini izliyorlardı. Team
Rocket de bir biçimde aynı fırtınaya yakalanırlar ve bir kayaya
çarparak denizaltının kontrolünü kaybederler. Suyun üzerinde yüzerken,
bir Magikarp okuluna çarpıp kayalara doğru sürüklenirler. Zavallı Team
Rocket:-Misty’nin annesi güneşin altında dinlenirken, Pokemon Profesörü
Prof.Oak
bisikletiyle gelir ve güzel havadan laf açar. Aniden bir grup
Diglett’in sokakları ezercesine yürüyüşleri duyulur ve gelip Oak’ın
bisikletini alarak güneşin batışına doğru yol aldıkları görülür.
Prof.Oak şaşkın bakışlarla Diglettlerin ardından gelen Pokemon sürüsünü
görür. Prof.Oak ve Misty’nin annesi şaşkın vaziyette yazın ortasında
yağmaya başlayan karı farkederler. Diğer yandan Ash ve arkadaşları
Ashia Adasına çıkmışlardır. Hasara uğramış gemiden inerken etrafları
garip giyinimli bir çeşit rahip grubuyla sarılır. Rahiplerden biri
maskesini çıkarır ve Ash’le
arkadaşlarına Pokemon Tanrıları şerefine düzenlenen festivalden söz
eder. Ash ve arkadaşları, merasimin Miko’su Furura adlı bir genç kızla
tanışırlar. Furura Ash’ten hoşlanmış gibidir ve Misty’ye onun Ash’in
kız arkadaşı olup olmadığını sorar. Herkes kumsal boyunca yürüyüp
merasimin olacağı yere doğru giderler. Ash kumsalda, bir pokemon
eğitmeni olduğunu (Misty’den başka bir tek oydu), Efsanevi Kuşlar’ın
adasından güç kritallerini geri almak için seçildiğini anlatır.
Fırtınanın havada ve denizdeki etkileri güçlerindeki dengesizlikten
ileri gelmiş ve 3 kayayı biraraya getirmek havayı yumuşatabilir gibi
görünüyordu.
Hiç bir zaman bir ateş tanrısını, bir kasırga tanrısını ya da bir
buz tanrısını yakalama. Denersen öfkelerini uyandırır ve deniz tanrısı
Cennet ve Evreni yerler bir eder. Dünya bir harabeye döner.
Ash ve Mc-Chan gemiye binip rotalarını Fire Adasına doğru
çevirdiler, fırtına hala hiddetini korurken Team Rocket ’de onların
ardından izliyorlardı. Ash adaya ulaşınca gemiden çıkıp güç kristalini
bulacağı, Moltres türbesinin bulunduğu dağın merdivenllerini hızla
çıkmaya
başlar. Fururra ve Misty adaya gitmek için daha iyi bir gemi bulmaya
karar verirler. Team Rocket ’de Ash’in hemen ardından merdivenleri
çıkmaya başlarlar. Aynı zamanda Fururra’nın gemisi yakaladığı ani bir
rüzgarla dağda koca bir delik açar. Tam Ash güç taşını alıp adaya geri
dönmeye hazırlanırken efsanevi üç kuştan biri olan Zapados, aniden
beliriverir. Zapados korkmuştur ve Moltres’ı aramaktadır. Zapados tek
iletişim yolu olan yıldırımlarıyla Ash’e saldırır. Pikachu Zapados’la
konuşmayı denemeye karar verir ve havaya yıldırımlar saçarak neden orda
olduklarını ve ne bildiklerini anlatmaya çalışır. Pikachuyla Zapados’un
diyaloğu Zapados’un elektrik
yıldırımlarının gökyüzüne doğru dönmesiyle sona erer. Ash ve Pikachu
Jirarudan’n Hikoukyu’suna bakarlar. Zapados’a saldırır ve akranı
Moltres gibi yakalanır. İkisi de uçan kale içine hapsedilmişlerdir.
Şimdi Ash ve arkadaşları doğadaki dengesizliklerin nelere sebep
olabileceğini anlarlar ve görevleri kuşları onları esir edenden
kurtarmak olarak değiştirirler.
Ash ve arkadaşları Team Rocket ’in de yardımıyla kaleye , efsanevi
kuşların tutulduğu yere ulaşırlar. Elktrikli alanda alıkonmuş,
hapsolmuşlardır. Çete, pokemonlarının saçma davranışlarını
gözlemlerken, efsanevi kuşlar arasındaki dengesizliğin, pokemonların
davranışlarını etkilediğini farkederler. Aynı
zamanda Prof.Oak da aynı şeyi dünyanın diğer ucunda korkmuş onca
insanın üzerinde denemektedir. Ash ve çetesi efsanevi kuşları özgür
bırakmayı başarırlar. Kuşlar, korkmuş ve şaşırmış olduklarından daha
kaleyi terketmeden önce Ash’le arkadaşlarına saldırırlar. Kaleden çıkar
çıkmaz Zapados ve Moltres Articuno ile karşılaşırlar. Üç efsanevi kuş
dev gibi bir girdap oluşturarak oradan uzaklaşırlar.
Denizde oluşan girdabın tepesinde Lugia belirir. Furura onlara
Lugia’dan ve onun varlığının dünyanın sonuna işaret ettiğinden söz
eder. Ash Lugia’ya doğru uçup Jirarudan’ın onu yakalama planları
konusunda onu uyarmaya çalışır. Lugia Ash’in uyarısını görmezden gelir
ancak Hikoukyu’ya saldırmadan önce Ash’in gitmesine izin verir. Ancak
Jirarudan bunun için hazırlıklıdır ve Lugia’ya kuşları yakalamakta da
kullandığı elektirkle kaplı bir kafes fırlatır. Lugia nakavt olmuş,
denize düşmüştür. Ardından iyileşir ve
Hikoukyu’yu yok edene kadar kuşlarla saldırısına devam eder.
Ash denize düşer ama küçük sallarındaki Team Rocket tarafından dışarı
çekilir. Misty, Furura ve Kenij kıyıya çıkıp mücadeleyi ordan izlerler.
Furura Lugia’nın sadece Hikoukyu’yu yok etmekle kalmayacağını bilyordu.
Serbest bırakılırsa dünyayı yerle bir edecekti. Lugia’yı tuzağa
düşürmenin tek yolu Furura’nın okarinasını (nefesli bir çalgı) ve bir
Master Ball kullanarak onu oraya hapsetmekti. Ash, Furura ve Efsanevi
Kuş’ların yardımıyla Lugia’yı tuzağa düşürüp Master ball’un içine
hapseder ve bir kez daha günü kurtarır.